Закодируй то, не знаю что

Первый хакатон на стыке биологии и информатики прошел 3-5 марта на площадке Университета ИТМО. BioHack — совместный проект IT-компании Epam и Института биоинформатики. Репортер «Мегабайт» Юлия КОСТЮЧЕНКО выясняла, для чего применяется анализ движения мушек дрозофилы, почему важен поиск бактериофагов и как предсказать транскрипцию генов.

Давно хотел узнать, что за зверь этот "биоинформатика", но руки не доходили. А тут такая возможность. Работа над проектом проходила в очень тесной связи с ментором, без него сложно было разобраться в проекте, я мало что понимал в биологической части, но с частью про программирование я успешно справился и попробовал новые для меня инструменты. Приятно, что мы работали над тем, что реально будет нужно биологам.

Максим Аверин, участник

BioHack начался в пятницу 3 марта с представления проектов. Среди тем — и анализ локомоторного поведения дрозофилы, и эволюция кодирующих последовательностей в человеческих популяциях, и оценка эпидемиологической угрозы различных штаммов вируса гриппа. Дилетанту не так-то просто понять, что означают некоторые понятия, а вот участники сразу стали обсуждать, над какой проблемой им хотелось бы работать в рамках мероприятия. 
Всех специалистов поделили на команды от трех до пяти человек и распределили по проектам. Для участия отобрали 100 лучших участников со всей России. Обязательное условие — наличие программиста и биолога в каждой группе. Работа началась сразу же, перерывы были только на сон и еду.

Мне было очень приятно наблюдать за тем, как все коммуницируют друг с другом, потому что научная коммуникация, особенно междисциплинарная, — это то, чего нам всем сейчас не хватает. Заниматься биоинформатикой — это самое прекрасное занятие, которое можно придумать. Лучше не спать и выматываться на таких вот мероприятиях, чем где-то еще.

Дмитрий Адамьян, компания Genestack

Второй день прошел не менее активно. После завтрака продолжилось обсуждение проблем. Днем все желающие могли отвлечься от работы и послушать гостевые лекции. Андрей Афанасьев из компании iBinom рассказал про IT в медицинской 
генетике, руководитель группы биоинформатики Института белка РАН Оксана Галзитская объяснила связь между болезнями человека и встречаемостью гомоповторов в протеомах.  Разработчик Epam Мария Зуева рассказала про «Open Source проекты EРАМ Lifescience в биоинформатике». Завершил лекционный день профессор факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова Андрей Миронов. Он обсудил с участниками алгоритм преобразования Барроуза-­Уиллера и картирование чтений на геном.  Не менее интересными были выступления разработчика Epam Марии Зуевой и профессора факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова Андрея Миронова.

Прежде всего, запомнилась удивительная атмосфера научного творчества в большой и теплой компании. Далее — по-настоящему нетривиальные исследовательские задачи, требующие всестороннего подхода для верного решения. И, наконец, высокий уровень организации мероприятия, благодаря которому все участники ощутили себя в “домашней" обстановке, располагающей к работе. Сложите эти три вещи и получится хакатон по биоинформатике.

Даниил Никитин, участник

«Выходные пролетели незаметно. Довольно много всего удалось сделать за короткое время», — отметил участник хакатона Сергей Медведев. В воскресенье был завершающий и самый важный день. Участники представили то, что успели сделать. Важен был не только результат работы, но и умение преподнести его аудитории. Команды подробно рассказывали о проектах, задавали много вопросов. 

Жюри долго совещалось, определяя победителей. Институт биоинформатики отметил человека, который задавал больше всех вопросов — Даниила Никитина. Он получил сертификат на участие в мастер-классе по биоинформатике. 
Специальный приз от компании Epam получила команда проекта «Предскажи их всех!». Ребята пытались создать алгоритм, который бы предсказывал сайты посадки транскрипционных генов в геноме. 

Идею объединить усилия и провести хакатон в Петербурге нам предложила компания EPAM. У них же был опыт проведения мероприятий подобного формата, а мы поделились опытом организации мероприятий по биоинформатике. В итоге консолидация наших усилий, знаний и контактов привела к столь успешному результату!

Наталья Машьянова, организатор, Институт биоинформатики

Третье место и приз в 50 000 рублей получила команда с проектом «Исследование связанных состояний молекул воды в интерфейсах биомакромолекул». Второе место и награда в 70 000 рублей достались проекту «Горизонтальный перенос генов бактериофагами в метагеномах». Самое большое вознаграждение — 100 000 рублей — получила команда, разработавшая адаптивную модель в проекте «Анализ демографической истории по геномным данным» — попытке реконструировать события, которые сформировали геном животного.
Организаторы планируют проводить BioHack каждый год. Это поможет развивать биоинформатику в России, формировать профессиональное сообщество и реализовывать перспективные идеи и IT-решения в области биологии и современной медицины.

Материал опубликован в газете «Мегабайт»